資料介紹
蛋白質(zhì)亞細胞的定位預(yù)測不僅是研究蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能的重要基礎(chǔ),還對了解某些疾病的發(fā)病機理、藥物設(shè)計與發(fā)現(xiàn)具有重要意義。然而,如何利用機器學習精準預(yù)測蛋白質(zhì)亞細胞的位置一直是一項具有挑戰(zhàn)性的科學難題。針對這一問題,提出了一種基于聚類與特征融合的蛋白質(zhì)亞細胞定位方法。首先將自相關(guān)系數(shù)法和熵密度法引入蛋白質(zhì)特征表達模型的構(gòu)建并在傳統(tǒng)的 Pseaac( Pseudo- amino Acid Composition)的基礎(chǔ)上提出了一種改進型 Pseaac方法。為了更好地表達蛋白質(zhì)序列信息,文中首先將自相關(guān)系數(shù)法、熵密度法和改進型 Pseaac進行融合,構(gòu)造了一種全新的蛋白質(zhì)序列表征模型;然后利用主成分分析法對融合后的特征向量進行降維,將結(jié)果輸入到LibD3C集成分類器,對蛋白質(zhì)亞細胞進行分類預(yù)測,并采用留一法在Gram- positiⅳve和(ram- negative數(shù)據(jù)集上進行交叉檢驗;最后將取得的實驗結(jié)果與其他現(xiàn)有算法進行比較。實驗結(jié)果表明,所提方法在Gram- positive和Gram- negative數(shù)據(jù)集上分別取得了99.24%和95.33%的預(yù)測準確率,說明所提方法具有科學性和有效性。
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